Menurut laporan FDA, efek samping semaglutide yang paling umum termasuk mual, diare, muntah, sembelit, sakit perut, kembung, pusing, sakit kepala, gangguan pencernaan, hipoglikemia, gastroenteritis, dan penyakit refluks gastroesofageal.

Dalam kasus yang lebih serius, semaglutide dapat menyebabkan pankreatitis, batu empedu, cedera ginjal akut, kerusakan retina, dan peningkatan detak jantung.

Orang yang menggunakan semaglutide memiliki insiden pankreatitis 4,6 kali lebih tinggi dibandingkan mereka yang menggunakan jenis obat-penurun berat badan lainnya, dan hal ini juga dikaitkan dengan peningkatan insiden gastroparesis.